※年齢は1970年時点
〈本作オリジナルの登場人物 ※キャラクターに関しては映画『モスラ』『ゴジラvsモスラ』などの登場人物から拝借して考えました〉
考古学者。原田歴史研究所に所属している。男勝りな性格。大阪市在住。
丸菱観光株式会社の社員。真矢とは高校からの仲で、同性愛関係にある。
原田歴史研究所の所長。神戸在住。
謙の妻。
大阪大学の考古学教授。真矢がかつて師事していた人物。興味のあることにはとことんのめり込むが、興味のない分野にはまるで知識がない性格。
深澤の助手。真矢とは大学の同窓。
大阪日報の記者。
海上自衛官（階級は一等海曹）。護衛艦『まきなみ』乗組。
丸菱観光株式会社の社員。亡き父が友兼の竹馬の友で、友兼に目をかけられている。同僚の雅美に片思いをしている。
丸菱観光株式会社の常務取締役。経営の傾いた会社を救おうと、因羽島の遺跡を大阪万博に出品しようと画策する。
通商産業大臣 兼 日本万国博覧会担当大臣。表面上は小澤に従順だが、いずれ総理の座を奪おうと画策している野心家。
大阪府知事。元国会議員であり、第一次小澤内閣の官房長官を務めた。
内閣官房長官。小澤が東京を離れている間、総理代行として首相の職務を担う。
サン・リン（30）
モナークに所属する生物学者。中国出身のアメリカ人女性。
イー
因羽島の遺跡から現れた謎の少女。体を透明に出来る。
エー
もう一人の謎の少女（外見は瓜二つ）。
〈『ゴジラ+2.0』からの登場人物 ※元々は映画『ゴジラ-1.0』の登場人物がメインです。設定は本作のオリジナルです〉
中学校教頭。「ゴジラを二度倒した男」として知られている。
浩一の妻。1947年時に銀座でゴジラ災害に遭った後に右首筋に黒い痣が出来てしまったが、現在は消滅している。
敷島夫妻の娘（血縁はない）。大学院生であり、万博のパビリオンガールのアルバイトに合格した。
海上自衛官（階級は二等海佐）。呉地方隊所属の護衛艦『まきなみ』副長兼船務長。既婚者で子供もいる。
沼津市在住の漁師。既婚者。
巨大生物研究所の所長。「ゴジラ研究の第一人者」として知られている。独身。
内閣総理大臣。女性初の首相。独身。
ジェニス・クロフォード（51）
ハワイ在住の元核物理学者。パートナーのカヨと一緒にカフェを経営している。
カヨ・クロフォード（44）
ジェニスのパートナー。大戸島出身。
ゲイリー・クロフォード（50代半ば）
アメリカ合衆国大統領。ジェニスの兄。