「……私のミスでした」
「私の選択、そしてそれによって招かれたこの全ての状況」
「結局、この結果に辿り着いた初めて、あなたの方が正しかったことを悟るだなんて……」
「……今更図々しいですが、お願いします。――ちゃん」
主人公
滅びの運命にあるキヴォトスを救うために並行世界の旅を続ける一人の生徒。
連邦生徒会長に負けず劣らずの超人であり、学園最高戦力級複数を制圧できる実力を持つ。
第一の方舟
梔子ユメではなく小鳥遊ホシノが死亡した世界のアビドス。卒業後もＯＢとしてアビドス高校を支え続けるユメと対策委員会とともに、カイザーグループの悪意に立ち向かうことになる。
ホシノ不在により砂狼シロコが黒服に目を付けられているほか、戦力不足などの面からアビドスは原作以上の危機的状況にあり、ヘルメット団に襲われているところに主人公が助けに入る。大体は対策委員会編通りに進行していく。
第二の方舟
シャーレ不在により補習授業部が生まれない世界のトリニティ。百合園セイアの生存を聖園ミカに伝えたことで問題解決……のはずもなく、アリウス関連の問題が残ることに。聖園ミカと二人三脚でティーパーティーの意思統一を目指す前編と、エデン条約の調停式の襲撃に立ち向かう後編の二部構成となる。
第三の方舟
RABBIT小隊がワルキューレ警察学校に編入した世界のD.U.。カルバノグ１章にあたる激突で尾刃カンナと交流を深めた主人公は、色彩襲来を待たずに発生したカルバノグ２章相当の事件で、原作通りに暴走した不知火カヤに立ち向かう。
第四の方舟
アツコ以外のアリウススクワッドがベアトリーチェを狂信する世界線。こんな世界でも原作通りの精神性を発揮したアズサがアツコを連れ出そうとしたが、狂信生徒たちに追い詰められ、殺されそうになったところに主人公が訪れる。
第五の方舟
ゲーム開発部がアリスを見つけられず、アリスが「名もなき神々の王女」に覚醒した世界線。初期対応が早く、生徒たちをエリドゥに避難させたことで生徒に死者は出ていないものの、無限の兵力によって追い詰められつつある。
なお、これらの並行世界にはシャーレは存在しないものとする。