西暦2219年、地球は荒廃し、人類は宇宙と地下へ。対立する三大勢力は精神リンク型ロボット「リンクギア」を主力兵器としていた。
E.O.S連合のアカデミアに所属するユウト・アサギは、一人で機体を操ることが出来る次席。一方、首席のカグヤ・ツキミは、最高のリンク適性を持つも感情がないと噂されていた。