この鎮守府には装甲が薄すぎると有名な「護衛艦娘」と呼ばれる世界の端くれ者が多く居るのだがいるのは日本の護衛艦、つまり海上自衛隊の艦艇しかいない鎮守府なのだ。しかし近年深海棲艦の動きが活発化していき戦況がますます危険な状況になったため、護衛艦娘の教育のため世界最年少で提督となった日本の少年「徳元昌幸」がその鎮守府の提督になった。そこで昌幸が体験するのは一体何なのか。
| 主な登場人物 | |
| 配属 | |
| 挨拶 | |
| いそかぜの本音 | |
| 模擬戦 | |
| 日本鎮守府会議 | |
| みらいの戦闘 | |
| 呉ＶＳ無人島１週間前 | |
| 呉ＶＳ無人島前日 | |
| 合同演習当日 | |
| ３００VS９００の戦い前 |