今から約30年前、世界各地に突如として「アンノウン」と呼ばれる異形の生命体が出現した。空間に無数の亀裂が走り、そこから現れた異形たちは人類の通常兵器を寄せ付けず、各都市を次々と蹂躙していった。既存の軍事力は無力であり、人類は文明崩壊の瀬戸際に立たされた。
しかし転機が訪れる。
アンノウン出現から数年後、若い女性たちの一部に「エーテル」と呼ばれる未知の力が覚醒し始めた。エーテルを持つ彼女たちは「聖戦姫」と呼ばれ、倒したアンノウンのコアを解析・利用することで「神衣兵装」という対アンノウン専用兵装を纏うことができた。
そして今、とある事情から聖戦姫を育成する女学院に女子生徒として神代白雪が通い始める。
しかし転機が訪れる。
アンノウン出現から数年後、若い女性たちの一部に「エーテル」と呼ばれる未知の力が覚醒し始めた。エーテルを持つ彼女たちは「聖戦姫」と呼ばれ、倒したアンノウンのコアを解析・利用することで「神衣兵装」という対アンノウン専用兵装を纏うことができた。
そして今、とある事情から聖戦姫を育成する女学院に女子生徒として神代白雪が通い始める。