西暦2150年……。
それは、突如として上空より出現し、世界各国を無差別に襲い始めた。
機械仕掛けの巨体から発射されるビーム兵器は、数キロ先を更地へと変え、踏み出す脚は、地面を容易く砕く。
そして、その機械を操る青いトレンチコートを羽織った、数百人以上の者達……。
突然の異常事態に対し、世界各国は、機械兵器に対する軍事的攻撃を仕掛けることを決定。
しかし--その攻撃は、全て失敗してしまった。
機械兵器は、その巨体に似合わず、自由自在に出現と消失を行うことができ、地球上のあらゆる場所へと、瞬間移動することができたのだ。
対話をすることもなく、暴力の限りを尽くした機械軍団は、やがて地球の半分をたったの一月で奪い去ると、ある宣言を地球人類へと向けて発した。
『ノーマル世界の人間達よ。私は、バルバロッサ王国、国王。
異世界から来た、バルバロッサ王国の王、ブライ・バルバロッサｰｰ。
彼のその言葉は、嘘や虚言ではなく、真実であることは、すぐに人類へと示された。
徹底抗戦を行った国々は、1日とかからず地球上の地図から消え、降伏をした国は、あらゆる資源を搾取される……。
そんなバルバロッサ王国の攻撃に対し、しかしながら、侵略者に対して地球人類側も必死の抵抗を続け、機械軍団の全容を把握することに成功した。
機械軍団の正体は、世界的に扱われているトレーディングカードゲーム、遊戯王により具現化されたモンスターであり、質量をもった力による攻撃であったのだ。
その事に気づいた、地球人類は、すぐさま世界各国より選りすぐりの人材を集め、対抗戦力としてデュエリストチームを作り上げたｰｰが、その全てが失敗。
そして、バルバロッサ王国の侵攻から1年ｰｰ。
地球人類は、バルバロッサ王国に管理されることとなり、デュエル技術の生みの国……日本国へと生き残っている人々は集められ、巨大な壁にって、4つの地区へと分割した日本国での生活を強制される。
それから、5年後ｰｰ東西南北に別れた旧日本地区に、4人の人物が派遣されると、ブライ・バルバロッサによる、次期王候補選抜が開始された。
『我が子達よ。お前達には、この資源エリアの統治を任せる。未だ抵抗している者達もいる故ｰｰこの資源エリアを統治できた者へと、次の王となる権利を与えることとする』
そのブライ・バルバロッサの発言により、突如始まった選抜戦。
振り続く絶望の中ｰｰまだ、自由を諦めない者達も、管理エリアのなかには、いた。
レジスタンスと呼ばれる彼らは、真のデュエリストとして選ばれ、バルバロッサ王国へと反攻を続けていたのだった……。