オメガモン
種族:ワクチン種
タイプ:聖騎士型
所属:ロイヤルナイツ
知る人ぞ知る僕らの永遠のヒーロー
今作ではISに取り憑いているため、直接的な戦闘は無し
かつて人間と共に戦いながら、それでも人間に絶望しつつあるアルファモンを止めるべく人間世界に突入、当時未完成だったオメガ・プリンセスのコアに取り付き、クリスが起動させるまでずっとプリンセスと対話を行っていた
人間を愚かしいと思いながらも、その在り方もまた美しいと感じており、その矛盾こそ人間なのだと、見守るスタンスを取っていた
元々は幼い頃のクリスのパートナーだったアグモンとガブモンが究極体まで進化した、ウォーグレイモンとメタルガルルモンの融合体
初めて出会ってからずっと仲が良く、何をするにも一緒であり強い信頼関係と友情で結ばれていた
デジタルワールドの騒乱の後にイグドラシルに記憶データの一部を封じられていたため、騒乱のことは覚えていてもクリス達の事はずっと忘れていた
アルファモン
種族:ワクチン種
タイプ:聖騎士型
所属:ロイヤルナイツ
伝説でのみ語られる十三番目のロイヤルナイツ
だが今作では割とあっさり登場している
ライバルだからね、仕方ないね
元々はドルモンと呼ばれるデジモンで、かつてデジタルワールドに迷い込んだ三人の子供達の内の一人、篠ノ之束のパートナーデジモンだった
そんな束達が引き起こしたデジタルワールドを包んだ騒乱を引き金に、その後の人間界を見守る内に人間に絶望しかける
それでも希望を捨てられなかったアルファモンはオメガモンに後を追わせる形で人間界へと突入、だがそこであらゆる人の悪意と歪みに今度こそ完全に絶望、「人類を進化へと導く危険性」を含み「デジタルワールドの完全な崩壊」を齎すであろうクリスの抹殺を決意し、単独なれど再び行動を開始する
が、それ以外にも行方不明のロイヤルナイツを粛正するためにも動いているが、その理由は不明
かつてのパートナーである束とは未だ再会していないが、アルファモン自身はそうなることを危惧している
マスティモン
銀の福音に取り憑いていた、究極体デジモン
天使型であるエンジェウーモンと堕天使型のレディーデビモンという、相反する二体の完全体デジモンがジョグレス進化したデジモンであり、その双方を束ねる能力を有する「異世界の軍師」
福音の暴走と強制的な二次移行に際して覚醒、だが暴走を抑えられず向かってきた一夏達を一方的に撃破していくも、最後は復活したクリスや一夏達に制圧された
デジタルゲートを単独で開ける数少ない存在であり、その力でクリス達をデジタルワールドへと導いた
現在は銀の福音と共に凍結処分を受けている
カオスデュークモン
種族:ウィルス種
ウィルス種でありながらデジタルワールドの秩序を守るという異端な存在であったデュークモンが、その本能に目覚めた暗黒の姿。ギルモンの進化系統であるメギドラモンと同一視されることもある
デジタルワールドに迷い込んだトリッシュと出会ったギルモンが進化したデュークモン。それが度重なる死闘と仲間の死によって暗黒面へと墜ちてしまったことでロイヤルナイツ、ひいてはデジタルワールドからも追放される身となってしまった
現在はトリッシュの専用機、ホーリー・ハザードのISコア内に宿っている
ガオモン
種族:データ種
青い熊のような、二足歩行の獣型デジモン
デジタルワールドへとやってきたイーリス・コーリングを「マスター」と呼び、彼女らの人間界帰還の際に偶発的にファング・クエイクのISコアに取り憑いてしまった
ハックモン
種族:データ種
ロイヤルナイツを目指す、成長期デジモン
ガンクゥモンに弟子入りして日々厳しい鍛錬を受けていた甲斐あって、現在は完全体まで自由に進化が可能となっており、ロイヤルナイツまで後一歩まで迫っていた
だが、クリス達が引き起こした騒乱の中でガンクゥモンは消滅、ハックモン自身も負傷により完全体から現在まで退化してしまい、それによりロイヤルナイツから見放されたことで、人間を強く恨むようになる
不慮の出来事とはいえ簪に人間界に連れられてきてしまい、現在は打鉄弐式のISコアに取り憑いている
ドゥフトモン
ロードナイトモン
クレニアムモン
デュナスモン
デジタルワールドを守護するロイヤルナイツ
人間を強く恨んでいるが、それよりもデジタルワールドを守ることを優先させているため基本的には自分達では動きは見せない
マグナモン
アルフォースブイドラモン
スレイプモン
エグザモン
現在行方不明のロイヤルナイツ
だがエグザモンを除く三体は、ISコアに取り憑いていることがアルファモンにより判明している
彼らを捜し、見つけ出すことをクリスは最優先事項の一つと決定した