信長の庶子
https://ncode.syosetu.com/n0921ed/
頭脳チートといえばコレ。転生ものじゃないので、チート級の頭脳を持ちながら、年齢に見合った青さもあり、主人公の成長も楽しめます。完結済み

薬屋のひとりごと
https://ncode.syosetu.com/n9636x/
花街（いわゆる娼婦街）で薬師をしていた主人公が女官狩りに遭って放り込まれた後宮で探偵役や（らされ）るオリエンタル推理もの。場所が場所なので概ねドロドロしています。

Fate/Sprout Knight
探しているのとはちょっと違うと思うけど慎二主人公で桜救済もの

原作：Fate/
慎二が主人公で桜救物

確か簡潔済みでハーメルンで読んだと思うんですが、慎二が主人公で桜を救済する為に最後は死んでしまった話を探してます。本編完結後外伝で慎二の墓の前で、桜とサーヴァント化した？慎二と再会してたと思います。

ガンダム世界でスコープドッグを作ってたらＫＭＦ紅蓮に魔改造されてしまった件
TS＆勘違いモノ。
美少女なのに「男性的な距離感」で、原作主人公をドキドキさせます。

八咫烏は勘違う　（新装版）
無口無表情（強制）の勘違いモノです。
中身は変態紳士的な人格でしたが、段々と原作主人公に惹かれていきます。

どうしてこうなった？
伝説の武人がTS転生します。
基本バトル物ですが、裏で男に戻る事を画策したりします。

どうしてこうならなかったストラトス【完結】
「ISを装備すると女の子になる」という能力を持った一夏と、
変態淑女のヒロインズの話。
各々のTSとはかくあるべき論と共に、イチカちゃんがチヤホヤされます。

月に寄りそう乙女の作法２～二人の小倉朝日～
女装モノ原作の二次創作。
「女装男子をお母さんに」のような、支える系主人公です。
原作プレイ推奨

タイトルにもありますが、内政チート物でおすすめがあれば
恋愛要素があればよりいいです
サイト及びに原作なども問いません

俺の異世界姉妹が自重しない！　みたいな感じが今の好みです

あいあむあいあんまん　〜ISにIMをぶつけてみたら？〜
https://syosetu.org/novel/134262/

前世でアークリアクターを自力で作っちゃった主人公がIS世界で再び色々作っちゃうお話です。本編にも似たようなことが書いてありますが、天災篠ノ之束が全く新しい理論を出すのに対してこの主人公は現状ある技術の延長線で発明していきます。

篠ノ之束と小学生から知り合い、振り回されながらも徐々に惹かれ合うのも必見です。

更新が滞ってますが、ある意味既にゴールしてるので楽しめるかと。

赤犬「あァ？　私立希望ヶ峰学園じゃァ……？」
短編。どうしようもなく酷いオチですが赤犬なら
仕方ないで納得&爆笑しました。

北の盾たる己が身を
原作は恋姫無双、軍師で戦闘能力皆無な主人公です。
頭脳チートとは違うかもしれませんが相手の心理を読んだり、行動を誘導するのが得意で戦では無敗
既読ならすいません

【改訂版】その一握の気の迷いが、邪なものを生んだ
頭脳というものが技術知識も含めてよいのならこれがおすすめです。
若干俺tueeee入ってますがこの世界ではまだ普通なはず…。

カオスな四人衆!?最強のＳランク武偵を目指せ!!
https://syosetu.org/novel/96919/

そのまま読んでも面白いが、元ネタの四人を知っていれば更に爆笑できる。
日刊マインクラフトで検索だ！