日露戦争、第一次世界大戦の経験から、日本海軍は通商護衛に関する研究に着手した。しかし、それは片手間であり、海軍は対米戦向けの漸減作戦を重視した。
それでも、この世界の日本海軍の駆逐艦は、少ないながらも対潜装備は有している。つまり、対潜能力は低いものの皆無では無かった。また、連合艦隊も漸減作戦実行の一環として、航行中や海戦中の潜水艦の襲撃に備えた訓練や、航空機を利用した対潜哨戒訓練を行っている。その為、この世界の日本海軍の対潜能力は決して低くなかった。しかし、その対潜能力は艦隊を護衛する事を主軸としており、通商護衛の為では無かった。
この流れが変わったのは、1930年のロンドン海軍軍縮条約の締結だった。これにより、駆逐艦の保有量が制限された。その為、艦隊用と通商護衛用の駆逐艦の同時整備が不可能となった。
これを受けて急遽、駆逐艦では無い対潜能力を持った護衛艦、つまり史実の海防艦の整備が計画された。これならば、ロンドン条約の網を抜けて整備出来る為である（ロンドン条約では、「排水量1万トン以下で速力20ノット以下の特務艦、排水量2000トン以下で速力20ノット以下、備砲6.1インチ砲4門以下の艦、および排水量600トン以下の艦は無制限」とされた）。同時に、今まで軽視されていた通商護衛を強化し、その為の組織を設立しようという動きになった。
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そうして1933年に設立されたのが「海上警備総隊」である。海上警備総隊は「通商護衛部隊版の連合艦隊」と言ってもよく、旗下に4つの「警備艦隊」を有している（本拠地はそれぞれ横須賀、佐世保、舞鶴、大湊）。
連合艦隊から独立して新設したのは、前述の護衛駆逐艦の配備が不可能となった事に加え、軍縮で減らされるであろうポストの確保という面があった。ワシントン条約以降、海軍の規模は縮小された。それだけで無く、第一次世界大戦が未曽有の死者を出した事から、世界各国で軍縮の空気が強かった。
その為、保有戦力だけでなく、軍組織そのものの縮小も行われた。そうなると、局長や部長などのポストが減り、その職に収まるであろう将校の出世は止まる上に、退役者も増加する。それは防ぎたいが、現状では軍拡は不可能、ならば正面戦力以外の方面で拡大しようとなった。それが、海上警備総隊の設立理由だった。
また、同様の理由で諜報・防諜を担当する海軍情報本部と、レーダーの開発を担当する海軍電気本部も設立される事となる。
この様な助平心はあったものの、兎に角通商護衛の為の組織は設立された。しかし、その戦力はお寒い限りだった。何故なら、多くのものが無かった為である。それは、人材、予算、船、装備、燃料、つまり全てである。
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人材は、海軍主流派から外された者はまだ良い方で、問題を起こして左遷された者の方が多かった。その為、「海上警備総隊は海軍将兵の墓場」と言われる程だった。
しかし、左遷された者の中にも優秀な人材は存在するもので、そういった者達に重点的に教育を施す事で、能力の向上や部隊内の綱紀粛正などを図った。
また、海軍だけでは人員が不足の為、陸軍や海運会社、内務省などからも人材斡旋を行った。これは、通商護衛を行う関係上、陸軍や海運会社とも関係を築いていく必要があった。
この申し出に、陸軍・海運会社は承諾し、内務省は条件付きで承諾した。
陸軍は、海上警備総隊とのコネを築くのは戦時に向かいつつある現状では重要だし、場合によっては陸軍運輸部（陸軍で鉄道や船舶輸送を担当する）に吸収出来るのではと考えた。
海運会社としても、余剰人員を放出出来る事（当時、新型船舶への移行時期と重なり、リストラが行われていた）から渡りに船と言えた。これは海上警備総隊としても嬉しかった。海運会社からの人員なら、船舶を動かす事や商船の特性などを知っている為である。
一方、内務省は、「海上警察業務を海上警備総隊が行うのであれば協力する」と言ってきた（戦前の海上警察業務は海軍の管轄）。こうすれば、陸海全ての警察業務を内務省が牛耳れると考えたのである。海軍としても、漸減作戦に全力を注ぎたいと考えた為、概ねこれを承諾した。これにより、海上警察業務は海上警備総隊の任務に追加され、内務省も海上警備総隊に関わる事となった。
尤も、海軍としては、内務省が必要以上に介入してくるのを好ましく思っていなかった為、内務省からの出向人数に制限を掛けたり、主要ポストに就かせなかったりと要所要所で妨害した。その為、内務省は途中から非協力的になり、対抗措置として出向者の引き上げや資金援助の廃止を行った。
内務省が事実上撤退した後に、交通行政を担当する逓信省、経済・貿易を担当する商工省も海上警備総隊に関わる事となった。これにより、海上警備総隊は海軍とは名ばかりの組織となったものの、少なくとも人員の問題は解決した。その後も、商業学校や商船学校などの教育機関からも人材を斡旋して、人員不足に対応していった。
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同様に、予算の問題も、関係省庁や企業からの資金援助によって解決した。それでも不足気味ではあったが、海軍からの予算だけの時と比較すると、遥かにマシな状況になった（海軍単独を1とすると、省庁・企業献金込みで5）。
また、企業からは資金援助の対価として、「開発した試作品の実地試験」の名目で試作兵器や試作装備品の提供を行っていた。その中で利用出来るものについては採用していき、その中で大きなものがソナーと対潜迫撃砲、高性能ディーゼルエンジンだった。
これまでの海上警備総隊の対潜装備は爆雷だけだった。しかも、敵潜の発見方法は目視だけ（航空機の数は少なかった為、航空機を利用した哨戒を中々行えなかった）というお粗末なものだった。予算不足と装備不足が理由だった。
その様な中で配備されたソナーと対潜迫撃砲はそれぞれ、対潜戦で有効に活用された。これにより、今までの課題であった「敵潜水艦の早期発見」と「前方への対潜攻撃能力」が解消される事となった。実際、連合艦隊との合同演習で、苦も無く連合艦隊の潜水艦を捕捉し、撃沈判定を出していった。
もう一方の高性能ディーゼルエンジンは、大室重工業が開発したものである。1934年に大型ディーゼルの開発が完了した為、そのエンジンを搭載した護衛艦を2隻発注し、1936年から運用された。その結果、燃費が良い事や低品質の重油でも有効利用出来る事が好評で、以降の海上警備総隊の艦艇の主要エンジンになった。
流石に、燃料（重油）の供給についてはどうにもならなかった。海軍用の燃料の配分では常に連合艦隊が優先された為、海上警備総隊は訓練用の燃料の手配すら事欠く状態だった。その為、設立当初は石炭を主燃料としたり、低燃費で行動する為の研究を行うなど、涙ぐましい努力が多数あった。
その様な中で、大室重工のディーゼルエンジンを搭載した護衛艦の誕生は、燃料不足という問題を解決させるのではと見られた。しかし、ディーゼルエンジン搭載の護衛艦の数が揃うのは数年は掛かる為、それまでは燃料不足が総隊内の最大の問題となった。
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海上警備総隊の設立当初は、巡洋艦は一隻もおらず（存在意義から必要性は薄かったが）、護衛艦も旧式のものしか無かった。設立経緯や予算の問題からしょうがなかったが、これでは到底戦力になり得なかった。加えて、満足な機材が無かった事から、設立当初は目的の通商護衛すら満足に行えない状況だった。
ただ、大型艦艇については、1930年代後半から連合艦隊のお下がりではあるものの、配備される事となった。それは、天龍型軽巡洋艦の2隻だった。これは、他の軽巡洋艦と比較しても小型過ぎる上に一番古い事から、保有していても有効活用は難しいと判断した為、連合艦隊は天龍型を退役させる事となった。しかし、ただ退役させるのは勿体無いとして、1935年に海上警備総隊に譲渡する事となった。
海上警備総隊としては、初めての大型艦だった。旧式ではあるものの、船体の広さを生かして旗艦設備の強化と対戦・対空装備の強化が行われた。また、海上護衛に33ノットは過剰である事から、機関の変更と燃料タンクの増設を行った。これにより、速力は25ノットまで落ちたものの（ロンドン条約が切れるまでは19.75ノットと公称していた）、航続距離は15ノットで7000カイリと大幅に伸びた（改装前は、14ノットで5000カイリ）。
また、1937年に日中戦争（この世界では内陸部への侵攻を行っていない）によって中華民国海軍から拿捕した寧海級巡洋艦の「寧海」「平海」も、修理・改装の上で海上護衛総隊に編入された。
この2隻は、上海にいる日本軍攻撃の為に揚子江を下っていた所を、日本海軍の航空機が発見、これを大破・擱座させた。そこが、日本が占領していた上海郊外であった為拿捕された。拿捕したはいいものの、船体の小ささから有効活用は難しいと海軍は判断し、翌年に海上護衛総隊に譲渡した。
海上護衛総隊は、1年半掛けて天龍型と同様に旗艦設備と対戦・対空装備を強化した。機関も変更され、速力は24ノット、航続距離は15ノットで6000カイリとなった。また、艦名もそれぞれ「五十島」「八十島」に変更された。
天龍型と五十島型の配備によって、各警備艦隊の旗艦が今までの旧式護衛艦からそちらに移った。これにより、通信機能・旗艦機能の強化によって、今までより効率的な指示の出し方や艦隊行動が取れる様になった。