劇場版インフィニット・ストラトスティーツーの逆襲

亡国企業との争いからから3年が経過した
勝利はしたものの、その最終局面で束博士は片腕を失った。

卒業後、代表候補生達はそれぞれの国に帰還し、活躍していた。
一夏と箒は、日本の国防軍に入隊し、コンビで活動していた。
世の中が少しずつ平和を取り戻し、戦争を忘れ始めていた。

そんな中、世界各所で3日のISによる襲撃事件が起こる。3機は同型だと思われそれぞれ攻撃、防御、機動力に特化している。
彼らの所属、動機を調べる一夏と箒の前に1人の少女が現れる。

これは、自らを探す物語。