Dr.エッグマンの野望を阻止するため、ソニックはテイルス、ナックルズと共に、宇宙に展開されたエッグマン艦隊に乗り込んだ。スーパーソニックに変身してエッグマンを追い詰めようとするが、カオスエメラルドが謎の暴走を始め、そこをエッグマンに強力なエネルギーのこもった攻撃を与えられた。その瞬間、強烈な閃光が辺り一帯を包み、ソニック達を異次元のとある場所に移してしまった。
移された場所は幻想郷。この地で、ソニック達の新しい冒険が始まる。
移された場所は幻想郷。この地で、ソニック達の新しい冒険が始まる。