2162年突如出現した隕石により世界は破滅の危機に陥るが、ロケットによる破壊により危機は去った
しかし大気圏を突破した隕石の小片は世界中に降り注ぎ災害をもたらす、さらに隕石に秘められた未知の物質により現れた人間と兵器が融合した変異体は世界の混乱に拍車をかけた
一方で日本は一部の地域が消滅する事はあったが変異体の出現も見られず世界規模で見れば比較的被害は最小に抑えられたしかし2181年突如変異体による日本政府のクーデターが勃発、同じく変異体で構成されていた集団が対抗するも九州まで追い詰められてしまい 自身を兵姫と名乗る彼女らは人間の意志に関係なく戦争をし続ける
企業の研究職についていたが自身が関わる研究に罪悪感を抱き会社を辞め、戦争の波から逃れるために九州へと逃れていた主人公（馬）はクーデター軍の襲撃により死亡するが記憶喪失の少女シロに命を救われ二人は過去を探すために東京を目指す
そのシロを何のために追うのか分からないままに狙う10人の兵姫部隊とその部隊を暗殺する為にクロの指令により派遣されたミドリカワ率いるクーデター軍所属の暗殺部隊三つの視点からシロの失われた記憶と友情から物語の核心が明らかになっていく
しかし大気圏を突破した隕石の小片は世界中に降り注ぎ災害をもたらす、さらに隕石に秘められた未知の物質により現れた人間と兵器が融合した変異体は世界の混乱に拍車をかけた
一方で日本は一部の地域が消滅する事はあったが変異体の出現も見られず世界規模で見れば比較的被害は最小に抑えられたしかし2181年突如変異体による日本政府のクーデターが勃発、同じく変異体で構成されていた集団が対抗するも九州まで追い詰められてしまい 自身を兵姫と名乗る彼女らは人間の意志に関係なく戦争をし続ける
企業の研究職についていたが自身が関わる研究に罪悪感を抱き会社を辞め、戦争の波から逃れるために九州へと逃れていた主人公（馬）はクーデター軍の襲撃により死亡するが記憶喪失の少女シロに命を救われ二人は過去を探すために東京を目指す
そのシロを何のために追うのか分からないままに狙う10人の兵姫部隊とその部隊を暗殺する為にクロの指令により派遣されたミドリカワ率いるクーデター軍所属の暗殺部隊三つの視点からシロの失われた記憶と友情から物語の核心が明らかになっていく