1939年、欧州は謎の生命体「ネウロイ」の勢力圏に呑まれる。ネウロイは既存の軍隊では対抗できず、猛威を振るった。そんなネウロイへの唯一の対抗手段がウィッチと呼ばれる少女たちとストライカーユニットと呼ばれる飛行ユニットだった。ストライカーユニットの開発先進国の扶桑皇国。その中の一部隊、扶桑海軍第19機動戦闘航空団、通称「トップガンウィッチーズ」。扶桑皇国の精鋭ウィッチが集まる部隊のトップエースは世界で唯一のウィザードだった。そのウィザードの名は神浦勇一。そんな彼にある日、転属命令が連合国軍司令部より下される。転属先は第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」。これはとあるウィザードとウィッチ達によって繰り広げられるネウロイとの戦いの物語。