星歴二一四九年、レギオンの大攻勢を退けたギアーデ連邦軍はサンマグノリア共和国救援作戦を展開。共和国に残留するレギオンの撃退と疲弊した共和国の救援という名目で行政八十五区に連邦軍を進駐させた。
その後、連邦政府は有志の市民による戦没者調査団を創設、連邦軍の下部組織として運用し、共和国による有色種(コロラータ)虐殺の調査・記録を開始した。

共和国で生活した経験がある連邦市民のリーン・ノイマンは戦没者調査団に志願し、共和国へと派遣される。生き別れた白銀種(セレナ)の親友ミレイユ・ジョスランを探す彼女は、連邦軍、共和国軍、エイティシックスを巻き込み、最後の騎兵が辿り着いた結末へと足を進めていく。