西暦2510年、地球。
世界には地球の善性が生み出した『疑似娘（シュードゥ）』と悪性が生み出した化物である『アンソフ』が、新しい種族として、人間達と共に存在していた。
それに伴い、擬似娘を利用した犯罪やアンソフによる武力を用いた人間の矯正が世界中で多発する中、そんな犯罪から市民を守る為に立ち上げられたのは特殊犯罪特別対策課（アイギス）と呼ばれる組織。
日本の第8支部の支部長であり過去の事件から【雪鬼のアイギス】と呼ばれる事になったアイギスの少女『真琴来実』は己の復讐を果たす為に、唐突に失踪してしまった両親を探す為今日も銃を掲げる。
世界には地球の善性が生み出した『疑似娘（シュードゥ）』と悪性が生み出した化物である『アンソフ』が、新しい種族として、人間達と共に存在していた。
それに伴い、擬似娘を利用した犯罪やアンソフによる武力を用いた人間の矯正が世界中で多発する中、そんな犯罪から市民を守る為に立ち上げられたのは特殊犯罪特別対策課（アイギス）と呼ばれる組織。
日本の第8支部の支部長であり過去の事件から【雪鬼のアイギス】と呼ばれる事になったアイギスの少女『真琴来実』は己の復讐を果たす為に、唐突に失踪してしまった両親を探す為今日も銃を掲げる。