フレア団と呼ばれる組織とそれに立ち向かった少年少女たちの戦いから5年が経ったカロス地方……の大都市·ミアレシティでは、『人とポケモンの共存』を掲げて日夜発展を続けていた。
しかし、その裏では謎の光を伴って凶暴化するポケモンによるワイルドゾーンの生態系への被害が確認されるようになっていた……
時を同じくして、ミアレシティにやってきた少年·フラムは国際警察であるハンサムのもとで育ったという女性·マチエールに導かれ、ヒトカゲと共に一連の騒動の裏に潜む存在とぶつかりながら解決へと動いていく……
しかし、その裏では謎の光を伴って凶暴化するポケモンによるワイルドゾーンの生態系への被害が確認されるようになっていた……
時を同じくして、ミアレシティにやってきた少年·フラムは国際警察であるハンサムのもとで育ったという女性·マチエールに導かれ、ヒトカゲと共に一連の騒動の裏に潜む存在とぶつかりながら解決へと動いていく……