深海棲艦との戦争、「海洋戦争」終結後、世界中で人類同士の紛争が相次ぐ世界。
艦娘達の多くは戦争の記憶を胸に除隊したが、青葉、高雄らが率いる元艦娘特殊部隊〈シャドウ・ルーク〉は依然、非正規作戦と言う形で戦いを続けていた。
そんな中、〈シャドウ・ルーク〉は一人の人物の名前に辿り着いた事で、多くの人命を巻き込む新たな非正規作戦へと身を投じる事となる。
艦娘達の多くは戦争の記憶を胸に除隊したが、青葉、高雄らが率いる元艦娘特殊部隊〈シャドウ・ルーク〉は依然、非正規作戦と言う形で戦いを続けていた。
そんな中、〈シャドウ・ルーク〉は一人の人物の名前に辿り着いた事で、多くの人命を巻き込む新たな非正規作戦へと身を投じる事となる。