巨大産業社会と、それに伴う機械化が栄華と優美を誇ったかつての世界。永遠に続くかに思われた黄金期は一転。のちに「厄祭戦」と語られる大戦争によって滅びることになる。
命が絶え、文明が衰退し、世界を焼き尽くしたと言われる文字通りの災い。人々は血を捧げ、鉄の躯体と契りを交わし、命を賭して厄災を終わらせるに至った。しかし衰えた文明を再び取り戻すことは叶わず、崩壊した統治機構は企業群による分割統治に姿を変え、武力組織による仮初の平和を形作って、既に3世紀が経った。
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P.D.324
海賊に飼われていた青年ノウムは、とある“積荷”を狙った商船襲撃の仕事に失敗するも、命と引き換えに“積荷”の世話を負わされる。
奇しくも目的だった“積荷”に接触したものの、それは自身と同じヒューマンデブリの女だった。彼女の無理難題と向き合う中で、ノウムはかつての災厄と、その爪痕に向き合うことになる。