____プライマーとの最終決戦から約半年が過ぎた。

司令船であるマザーシップNo.11から現れた神と呼ばれる存在との決戦
そこへ向かう各地のマザーシップを足止めする為、オペレーションオメガが発令された。
全人類はEDFの兵士となり、その全てを使いマザーシップの進行を妨害した。

……結果 神は討ち倒され、プライマーは地球を去って行った。

だが…EDFは……地球は、あまりにも失い過ぎた……