静かな雨がふる場所で

2020年

ある日、突如現れた謎の敵『深海棲艦』
人類はなすすべも無く、活動海域を制圧されてしまう。

その深海棲艦により
1人の海上自衛官の少年の故郷の佐世保が襲われる。
襲撃により佐世保鎮守府は壊滅。
人類の兵器では歯が立たなかった。
そこに
第二次世界大戦中の旧大日本帝国海軍の艦艇をモチーフとした
艦娘と呼ばれる存在が現れる。

艦娘の武装している兵器のみ深海棲艦にダメージを与える事に成功した。

5年後……。

それから佐世保は良好に復興し、
新しく鎮守府が開設。艦娘はこの鎮守府と呼ばれる場所に抜錨拠点として所属する。

そこに少年。結城祥治（ゆうきしょうじ）は
提督として着任することになる。