日本のどこか・・・それこそ国も知らない研究所で彼は生まれた。
生まれたと言っても母のお腹から産声をあげたわけではない。朝起きて、学校に行って、友達と遊んで・・・そんなごく普通の「彼」が死に、殺戮人間兵器としての「彼」が生まれたのだ。
彼は「死神」といわれる殺し屋をモルモットとした実験の抑止力としてツクラレタ。彼と死神は同じ部屋に閉じ込められ、毎日実験と調整を繰り返す。そんな灰色の日々だった。
しかし、彼女との出会いが二人を変えることとなる。これは、本来敵対する運命だった二人が過ごす3年E組の1年間である・・・