19世紀末、強大な軍事力である王立航空軍、通称「空中艦隊」により世界の勢力図を一変させ、新時代の動力源であり、特定範囲を無重力化することのできる「ケイバーライト」を独占することにより、ローマ帝国の再来と謳われる覇権国家を樹立したアルビオン王国は革命により、首都ロンドンを境にして、旧来の王国「アルビオン王国」と新しく生まれた共和国「アルビオン共和国」の二つに分かれた。
そしてその境界には、お互いの国交を断絶させるため『ロンドンの壁』が作られ、各国のスパイが暗躍する「影の戦争」が始まり、首都ロンドンは最前線となっていた・・・・・。

しかし、革命の最中、一人の狂気の科学者ヴィクター・フランケンシュタイン3世が恐るべき兵器を作り出そうとしていた。
それは死体に機械や錬金術などにより組み込むことで完成する人造兵器「フランケン・ゾルダート」であった。
しかし、ヴィクター・フランケンシュタイン3世は謎の火災に巻き込まれて亡くなり、彼の研究データと共にこの世から消え去り、人々は存在を知らぬまま10年の時が流れた・・・・。

10年後、各国のスパイが暗躍する首都ロンドンに一人の少女が舞い降りた。
彼女の名はマリー。ヴィクター・フランケンシュタイン3世が作り出した「フランケン・ゾルダート」の一人であった。
彼女は博士から「自分で考え、自由に生きろ」という命令を受け、人間社会に溶け込み生活していたが、ルイーザという少女と出会った事で運命が大きく変わった・・・・。

王国の女王直属の情報機関MI6にスカウトされたマリーは12人のフランケン・ゾルダートと共に様々な任務を行い、共和国からのスパイやテロリスト、犯罪組織ユグドミレニアとの激戦を繰り広げる。

任務の中で次第に明かされる彼女達の秘密とヴィクターが残した遺産、それを巡る様々な思惑、それは二つの国のみならず世界を巻き込む巨大な陰謀がマリー達を襲う。
共和国のスパイ組織コントロールのアンジェ達や王国のエージェント、ガゼル達と協力し、二つの国家を裏で操るユグドミレニアとの激闘は世界から果ては宇宙にまで繰り広げ、世界の命運をかけたマリー達の戦いが始まる。
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