西暦2022年、1000人のユーザーによるベータテストを経て、世界初のVRMMORPG「ソードアート・オンライン」（SAO）の正式サービスが開始され、約10000人のユーザーは完全なる仮想空間を謳歌していた。しかし、ゲームマスターにしてSAO開発者である天才量子物理学者の茅場晶彦がプレイヤーたちの前に現れ、SAOからの自発的ログアウトは不可能であること、SAOの舞台「浮遊城アインクラッド」の最上部第100層のボスを倒してゲームをクリアすることだけがこの世界から脱出する唯一の方法であること、そしてこの世界で死亡した場合は、現実世界のプレイヤー自身が本当に死亡するということを宣言した。これはそんな世界で中学3年の主人公神崎 健斗が紡ぐ話である。