「漂白の一年」から60年後の西暦2077年、神秘の衰退を憂う時計塔によって最後の聖杯戦争が行われようとしていた。

かつて人理継続保障機関が回収した聖杯を再構築した「大聖杯」を用いて行われる「聖杯大戦」。
「金」のサーヴァント7騎と「銀」のサーヴァント7騎、
エクストラクラス「ルーラー」による争いは、その実参加するマスター全てが時計塔にゆかりを持つ成功を約束された出来レースの筈だった。

人理継続保障機関「フィニス・カルデア」の所長代理を務める少女ヴェルへルミナ・ムジークは「銀」のセイバーのマスターとして聖杯大戦に臨んでいた。
彼女の前に「金」にも「銀」にも属さないイレギュラーなサーヴァントが現れる。
自らを「アヴェンジャー」と名乗る彼女の凶行によって聖杯大戦は黒く歪んでゆく。
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