デジモンと共に闘うジェネラルの一人、工藤タイキ。相棒のシャウトモンと別れを告げた後、何事もなく平穏無事に過ごしていた。だが、デジタルワールドに帰った筈のシャウトモンはとある事を相談しに再び工藤タイキと再会する。
それと同時に、別の世界にて人類滅亡を防ぐべく抗い続けていた魔術師が居た。彼等が出会う時、かつてない陰謀が動き始める――――――――――。
それと同時に、別の世界にて人類滅亡を防ぐべく抗い続けていた魔術師が居た。彼等が出会う時、かつてない陰謀が動き始める――――――――――。