世界で唯一ISを使える男――織斑一夏の友人、島崎金剛。彼は私立藍越学園への入学を間近に控えたある日、トラックに轢かれ、植物状態になってしまった。そんな彼を助ける為、一夏は天才科学者――篠ノ之束に彼を助けてくれるようお願いする。束によってなんとか意識を取り戻した金剛。だが、ふと鏡を見るとどうやら自分の顔じゃない。そこに移っていたのは見ず知らずの美少女である。一夏に問いただすと、束は彼の身体を一度、原子レベルにまで分解し、千冬の戦闘データを基に最強のIS乗りとしてと再構築したと言う。そんなこんなで、IS学園に一夏と共に入学することとなった金剛の未来はいかに……。
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