フランスが花の都巴里。留学生として日本からやってきた学徒である真神獅子之介はシスターを務める少女夜桜やその夜桜とともに小劇団シャトンの団長を務めるブロンと出会い交流を深めていく。そんな中、謎の怪人が突如現れ街を襲い始める。巻き込まれた真神たちは逃げてきた先で偶然にも、古看板に隠されたダストシュートを発見、今はもう使われていない秘密基地と霊子甲冑・光武F2を発見する。街の人々を守るため、留学生という身分ながらWOLFの認可もないままに真神は光武に乗り込み戦うことを決意する。そして彼らは華撃団大戦が終わり、伯林華撃団の主力が不在の間、新生巴里華撃団として正体を隠したまま怪人軍団と戦うこととなるのであった。
愛の御旗のもとに、巴里にも新しい風が吹く。
愛の御旗のもとに、巴里にも新しい風が吹く。