4度に渡るシグマの野望を打ち砕いてきたエックス。
4度の大戦後、休む間もなく、シグマの企みにより、スペースコロニー「ユーラシア」が地球に落下し、地球は壊滅状態寸前まで陥る。
エックスとゼロは事態の鎮圧のため、元凶のシグマの元へ急ぐが、その最中、ゼロは自身の使命に目覚め、エックスと死闘を繰り広げる。
お互いに倒れたところを狙い、シグマはエックスを殺そうとするが、元に戻ったゼロにより阻止されてしまう。しかし、ゼロはエックスを庇ったことにより大ダメージを受けてしまう。
エックスは1人、シグマの元に辿り着き、死闘を繰り広げた後、エックスは暗闇の中で出会った少女の力により、過去に飛び、そこで会った少女たちの悲しき運命を知ることになる。
4度の大戦後、休む間もなく、シグマの企みにより、スペースコロニー「ユーラシア」が地球に落下し、地球は壊滅状態寸前まで陥る。
エックスとゼロは事態の鎮圧のため、元凶のシグマの元へ急ぐが、その最中、ゼロは自身の使命に目覚め、エックスと死闘を繰り広げる。
お互いに倒れたところを狙い、シグマはエックスを殺そうとするが、元に戻ったゼロにより阻止されてしまう。しかし、ゼロはエックスを庇ったことにより大ダメージを受けてしまう。
エックスは1人、シグマの元に辿り着き、死闘を繰り広げた後、エックスは暗闇の中で出会った少女の力により、過去に飛び、そこで会った少女たちの悲しき運命を知ることになる。