幕末の激動期、動乱の時代に女系暗殺部隊通称《彼岸花》に所属する刺客、たきなは京都の片隅で茶屋を営んでいた。
 とある理由から茶屋の娘として振る舞う彼女の元に千束と名乗る少女が訪れる。これは幕末の京都で生き抜いた二人の物語である。