２０XX年、日本のとある都市で起きた大量虐殺事件『大虐殺の夜（ジェノサイドムーン）』。日本の歴史に刻まれるほど衝撃を与えたこの事件は、未だに謎は真相に包まれ未解決事件の一つとされていた。
『大虐殺の夜』の数少ない生き残りである少女皇深紅は、事件から数年が経った今、事件の真相を知るため、そして兄の幻想から解放されるため、仮面ライダーの力を手に立ち上がる。──すべては、前に進むために。
『大虐殺の夜』の数少ない生き残りである少女皇深紅は、事件から数年が経った今、事件の真相を知るため、そして兄の幻想から解放されるため、仮面ライダーの力を手に立ち上がる。──すべては、前に進むために。