西暦2048年、第三次世界大戦も宇宙人の襲来もなく平和な日本。
平穏な日々を享受する人々の傍に、全長十五センチの少女型アンドロイド……通称「武装神姫」達が寄り添い、生活を共にしていた。
本作の主人公「唐草ほまれ」もその類に漏れず、中学生からの付き合いである神姫「イブキ」と「メブキ」と一緒に、灰色の高校生活をそれなりに満喫していた。
しかし、ほまれがとある事件に巻き込まれてから勃発する様々な異変。「首無し神姫」の噂に「神姫開放連盟」なる団体の凶行。平和な日本はどこへやら。
はたして三人は激動の2048年を駆け抜け、無事に「リセットされた記憶」を取り戻すことができるのか。
まあ、そんな感じ。