サイバ・ドミノシティ――カードとカネとソウルが回転するこのデュエル・メガロシティに、場違いな黒い影が一つ、夜気を裂いて侵入した。
皆さんご存知、ニンジャスレイヤーである！
かつてドミノシティをギュージしていたメガコーポ「カイバ・コーポレーション」は、カードゲームを中核とした巨大経済圏を築き上げ、デュエルで回る社会構造を形成していた。
しかしある日、｢カイバ・コーポレーション｣は一夜にして、悪徳ニンジャ巣食うシンジケートと化した！マッポーめいた決闘社会であるドミノシティは、この日を境にさらにナムアミダブツなアンコク・システムに呑まれ、人々を苦しめていたのだ！
カードを改造したソウル憑依式ウェポン「デュエル・タリスマン」を操るニンジャクラン「デュエリスト・ニンジャ・クラン」がカイバコーポを裏から操り、敗者のソウルをカードに封じるダーク・プラクティスが蔓延、そしてその事実を知ったニンジャスレイヤーは、カイバー・シンジケートと名を変えた悪徳ニンジャ・クランを撲滅すべく、デュエルモンスターズの戦いにみを投じる＿＿＿＿＿＿＿！！！
皆さんご存知、ニンジャスレイヤーである！
かつてドミノシティをギュージしていたメガコーポ「カイバ・コーポレーション」は、カードゲームを中核とした巨大経済圏を築き上げ、デュエルで回る社会構造を形成していた。
しかしある日、｢カイバ・コーポレーション｣は一夜にして、悪徳ニンジャ巣食うシンジケートと化した！マッポーめいた決闘社会であるドミノシティは、この日を境にさらにナムアミダブツなアンコク・システムに呑まれ、人々を苦しめていたのだ！
カードを改造したソウル憑依式ウェポン「デュエル・タリスマン」を操るニンジャクラン「デュエリスト・ニンジャ・クラン」がカイバコーポを裏から操り、敗者のソウルをカードに封じるダーク・プラクティスが蔓延、そしてその事実を知ったニンジャスレイヤーは、カイバー・シンジケートと名を変えた悪徳ニンジャ・クランを撲滅すべく、デュエルモンスターズの戦いにみを投じる＿＿＿＿＿＿＿！！！