島で魔女と揶揄され、孤独に暮らす耳の聞こえない薬師。彼女は、薬や手作りの菓子を売るも誰にも相手にされず、心を閉ざして日々を過ごしていた。そんなある日、島に恐ろしくも美しいセイレーンと三匹の人魚が訪れる。当初は関わりを避けていた薬師だったが、廃棄するはずだったクッキーをセイレーンたちが喜んで食べたことをきっかけに、彼らと交流を深めていく。歌声を聞くことはできなくても、セイレーンは美しい海の景色を見せ、共に遊ぶ時間を作ってくれた。それは、薬師にとって生まれて初めてのかけがえのない時間であり、次第にセイレーンに友情以上の特別な感情を抱くようになる。しかし、その幸せな日々は突然終わりを告げる。人魚を捕らえようとした島民から彼らを守ろうとした結果、薬師は誤ってその島民を殺害してしまう。この事件は、「薬師がセイレーンを独り占めするために殺人を犯した」という誤解を生み、島民たちによって魔女として断罪される。弁明の声も届かぬまま、薬師は火あぶりの刑に処され、セイレーンへの想いを胸に短い生涯を終える。その後、何も知らずに薬師を訪ねてきたセイレーンは、友の無残な死を悟り、悲しみの歌声を島中に響かせるのだった。