ラプチャー1次侵攻の際、ラプチャーと戦う人型決戦兵器NIKKE以外にそれとは異なる兵器を纏い戦う存在が居た。
それは宇宙開発装甲服であったが、ラプチャーとの戦いの為に一機のみ兵器化されたモビルスーツ―――通称MSとそれを駆る1人の戦士。

MSを纏った戦士は当時のニケ最強部隊に匹敵する力を見せた。
そして、異端者の烙印を押された勝利の女神と共にラプチャーの頂点に君臨する女王に挑むがあと一歩のところで敗北。
共に戦った勝利の女神を生かす為に元の肉体を犠牲にし、その体とモビルスーツを構成する重要なシステムを小型のキューブに変え100年以上の眠りについた。

時は流れ、キューブは7号と呼ばれる人工生命体に移植され完全融合、プロジェクト.A.D.7番目の存在であると同時にアークの指揮官として覚醒。

新たに用意されたMSと共に本来の物語をハッピーエンドとして切り拓いてゆく。