『ポケットモンスター』、縮めて『ポケモン』。今や世界でこの名を知らない者は居ない。

 とあるポケモンファンの長門 紅夜(ながと こうや)は、購入したゲーム、『Pokémon LEGENDS アルセウス』を起動しようとしたところ、突如として目映い光りに包まれる。
 目が覚めると、そこはあろうことかヒスイ地方だった。
 何故か共に転移してきた過去作の相棒達と共に、彼はヒスイ地方で何を見るのか……