幼馴染の焼石櫛が、校舎で日本刀に胸を貫かれて死んでいた。呆然とする須木奈佐木咲の前に現れた、白い生物・キュゥべえは、奇跡との引き換えに魔法少女になる契約を持ちかける。しかし、契約を台無しにする男が居た。音もなく現れた熊川禊は焼石櫛を、彼のスキル「大嘘憑き」で生き返らせたのだ。
やがて咲は、水槽学園の生徒が「魔女の口付け」によって生徒たちが自殺に誘われていることを知る。学園の平和をなによりも望む咲と、魔女に興味津々の球磨川はキュゥべえの案内で魔女結界に踏み入れる。