嘗て、日本が大正と呼ばれた時代、まだ東京が帝都と呼ばれていたその場所で、３度に渡り平和を守ってきた戦士達が居た。
そして、時は流れ平成、戦士達の子孫は今尚、戦士の想いを、帝都東京の平和を守るという意思を継いで戦い続けている。
そんな中、戦士達の子孫である２人が特別任務により現代最強兵器、ＩＳ…インフィニット・ストラトスの専門学校、ＩＳ学園に入学する。
そして、時は流れ平成、戦士達の子孫は今尚、戦士の想いを、帝都東京の平和を守るという意思を継いで戦い続けている。
そんな中、戦士達の子孫である２人が特別任務により現代最強兵器、ＩＳ…インフィニット・ストラトスの専門学校、ＩＳ学園に入学する。