幕末から続く古武術『朝霧流剣術』師範代である朝霧悠斗はアルテールスでの3年間の修行を終えて日本へ帰国した。

海軍士官である父親の頼みで生徒数の減少で女子高である国立音ノ木坂学園にテスト生転入を果たしたが、想像以上に蝕られていたことに嘆いた時、いとこである穂乃果、幼馴染であることり、海未で廃校を回避するためスクールアイドル『μ`s』を始めた。

だが、廃校問題に立ち向かうにつれてある少女の封じられた過去が開かれようとしている。

それは廃校問題の切り札でもあり開けてはならないパンドラの箱でもある。
100年ほど前から歴史の表舞台から消えていった一人の少女の思いと廃校問題が交差するとき真実は開かれる。
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