ネットワークシステムが発達した都市、Den Cityにある大企業『SOLテクノロジー社』と技術交流を行った『インダストリアル・イリュージョン社』は試験的にネットワーク上にデュエルワールドと呼ばれる仮想空間を作り上げた。だがAIデュエリストによって人間のデュエリストが次々と倒されていき、負傷させられる事件が発生してしまった。そこでAIデュエリストをデュエルで止めるため、ある男に一通の手紙が送られた——