融合次元、アカデミア。他次元への侵略を企む赤馬零王のもとで、何人もの子供達がデュエル戦士となるべく生徒として過酷な教育や訓練を施されていた。
そんな生徒の一人である少年、雄山ツルギはある日に赤馬零王と息子の零児の邂逅を目撃した日から彼の運命は回り出すこととなる。
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