「GTRとなら何処にだって行けるような気がするんだ、何があってもね！」
突如として人類が滅んだ世界、何故滅んだのか…それを知るものは誰一人いない。
そんな中、長きにわたるコールドスリープから目覚めた少女『雨宮椎名』は、本当に人類は滅んだのかを確かめるために、シェルターを取り出して旅に出ることを決心。
シェルターで共にしたお世話ロボットや、彼が管理してくれたかつての愛車『GT-Rオフロード“ゴジラ2.0”』と共に人探しも兼ねた日本全国の旅へと出発。
しかしその第一弾として訪れた箱根での出来事をきっかけに、セロー乗りの少女達と出会ってことで、摩訶不思議な体験に巻き込まれることに。
これはそんな人類の数少ない生き残りの一人である少女が、訳あり少女達と共に様々な困難を乗り越え、何故世界が滅んだのか…その真相に辿り着くお話