未確認生命体事件の2年後に起こった、アンノウンの脅威が過ぎ、はや60年が経とうとしていた。
アギトの力は無くならないまま、人間の奥深くに根付き、眠っていた。平和を取り戻したかと思われたある日、不可解な事件が起こる。人間では起こせるはずのない完全犯罪。警察は約60年前に起こった超能力犯罪を行ったアンノウンと同勢力、又は同様の力をもつ者たちが動き始めた、と判断し60年前に出現した、アギトの力を持つ1人の戦士を参考にGシステムを制作。名をAGー1。
新生Gユニット、「AGー1ユニット」は過酷であり、残酷な戦いへ身を投じる。
これはアギトの力を持つ機械の戦士と、緑の暴者がそれぞれの平和を求める物語。