仮面ライダーWが風都探偵に至る前、新たな危機を抱えて分岐した世界。
風穴という未知の風が、風都に吹き荒れる。
死して生き返る転生者、天然の結晶のガイアメモリ。
ミュージアムが壊滅した風都に散蒔く災厄に、翔太郎達は立ち向かう。
転生してくる悪意と戦い、財団Xの魔の手から風都を守るために。