ーー人類は決して万物の霊長ではないーー

ーーあきらめろ。コイツには絶対勝てないーー

ーー地球のもう一つの抵抗の物語ーー

西暦2205年に勃発した「イスカンダル事変」から2年後の西暦2207年。宇宙の彼方から謎の巨大物体「グランドリバース」が突如出現し、遭遇した軍事勢力を無力化しつつ太陽系に侵攻した。地球防衛軍の善戦も虚しく、グランドリバースが地球の新首都に降下すると、そこから出現したデザリアムの降下部隊により、瞬く間に首都は制圧されていく。更にはデザリアムとの接触を持った内通者による事実上のクーデターも発生する中、イスカンダル事変の終結後にさまざまな理由で解散していた旧ヤマト艦隊クルーには、極秘指令「ヤマトへ集結せよ!!」が下る。

一方、同時に約200年の年月をかけて最強の生物が海底から目覚めようとしていたーーー。

それは西暦1954年に初めてその姿を現して以来、幾度となく世界を滅亡の危機に陥れた怪獣の王。

その名はーーーゴジラーーー