５０１ＪＦＷことストライクウィッチーズがブリタニア防衛とガリア解放を成し遂げた翌年、ロマーニャ公国南部を中心に謎の怪奇現象に加えて欧州中でウィッチ達が行方不明になる事件が相次いでいた。
後日、その犯人がシチリア島の引き渡しを要求してきた外宇宙から到来したミステリアンである事が分かった人類連合軍は戦いの道を選ぶ事となるのだが、連合軍が『大和』をも超える超戦艦『アリゾナ』等の超兵器を配備し続けていた事もあって５０１ＪＦＷは伝説的偉業をしたが故に坂本美緒の退役等の不当な扱いを受けていた。
後日、その犯人がシチリア島の引き渡しを要求してきた外宇宙から到来したミステリアンである事が分かった人類連合軍は戦いの道を選ぶ事となるのだが、連合軍が『大和』をも超える超戦艦『アリゾナ』等の超兵器を配備し続けていた事もあって５０１ＪＦＷは伝説的偉業をしたが故に坂本美緒の退役等の不当な扱いを受けていた。
| プロローグ 円盤襲来 | |
| 第１話 芳佳の卒業式 | |
| 第２話 新造戦艦『アリゾナ』（前編） | |
| 第３話 新造戦艦『アリゾナ』（後編） | |
| 第４話 欧州へ！！！ | |
| 第５話 前途多難 | |
| 第６話 追撃、台南空（前編） | |
| 第７話 追撃、台南空（中編） | |
| 第８話 追撃、台南空（後編） | |
| 第９話 疑惑の接触 |