【不特定】敵の幹部やボスと日常ですれ違ってる系
お互いの正体を知らないまま敵対する人同士が仲良くしてるのって凄く良いですよね。
もしくは片方のみ知ってて黙ってる的な展開でも良いです！
最近のもので言うとリコリス・リコイル
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火器苦毛子
こちらは長年更新されていませんがそれでも良ければ
鎮静のクロッカス
https://ncode.syosetu.com/n4793dj/
こっちは今でも更新されています。
変身ヒロインを影から助ける者https://kakuyomu.jp/works/1177354054891992750
kat tas
音使いは死と踊る
https://ncode.syosetu.com/n9898cc/
最初の方、主人公が異能力（発現したばかり）の暴走で正義の組織に捕まりそうになり、悪の組織と関わりを持ったあたりで、正義の組織の幼馴染（男）に正論パンチする描写がある。幼馴染（女）とは仲良くしたままだが、脱落してしまうので、少し違うかもしれません。
＜Infinite Dendrogram＞-インフィニット・デンドログラム-
https://ncode.syosetu.com/n5455cx/
大教授と呼ばれるプレイヤー（敵勢力幹部）がいて、大教授が主人公とリアルで会って、こいつ敵だと気づく（結構最後の方）描写がある。しかし表向きは仲良く、大事な戦争イベントの途中で睡眠薬盛ったりする。
私は殺し屋として世界に寄与する
https://ncode.syosetu.com/n2670gx/
結構あとに敵だとわかる相手と、最初の方はギスってて、だんだん主人公側の態度が柔らかくなっていく描写がある。敵だとわかったら殺意マシマシ。
悪の手先、始めました。正義の味方もやってます。
https://ncode.syosetu.com/n2925bl/
少し違うかもしれませんが、敵対してる2勢力の両方に入れられちゃった主人公の話です。
パッと思い浮かんだのがこの辺です。