新たな千年、セカンドミレニアムを迎えたその日、世界の“終わり”が始まった。

2000年1月1日午前0時。

空から隕石のような物体が太平洋上、日付変更線近くに存在する島に落下。そしてその後、その島そのものが忽然と姿を消した。

その島にいたはずの人間は一人の子供を除いて全て行方不明。調査の結果、島近辺の海底に巨大な足跡のようなものを発見。更にその日、近辺を航海していた船が島に接近する巨大な『影』を目撃。だが、少数の『物好き』を除いては誰も彼らの事を信じず、唯一の手がかりである少年はその口を開くことはなく、この謎の怪事件は結果的に迷宮入りしたかに見えた....。

だが、2001年を皮切りに世界各地に巨大生物―後に人々から『怪獣』と呼称されるようになった―が出現し始めた事で状況は一変。現行の兵器群ではとても太刀打ちできないこれら人類種にとっての共通の天敵を討つべく、国際連合は全世界の軍隊を一つに纏め、EUF――即ち地球連合軍を発足。怪獣達に一丸となって立ち向かった。
時が経つにつれ人類は様々な対怪獣戦闘兵器を開発し、犠牲を払いつつも怪獣を順調に殲滅していっていた。だが、それまで出現していた5m~50mの怪獣よりも更に巨大な60、70mクラスの怪獣の出現によって事態は急変。更に各国同時に出現した未確認種の怪獣により多大な被害を被ったことで、EUFに属する各国の軍は情報の共有や通信によってのみ繋がりがある状態になり、事実上の組織解散となってしまっていた。

それから数年後の2015年。
国そのものを守るために周りを防護壁で囲んだ日本の首都・東京から物語は始まる....

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