突如として地球に現れた新たな海の覇者にして人類最大の敵、「深海棲艦」。彼らは海から現れ、航行する船という船を喰らい、人々の生活を脅かしていった。20XX年、各国首脳たちはサミットで「深海棲艦根絶計画」を計画、特に激しい活動が日本近海で見られることから日本を中心としてこの計画を進める事を発表した。この時、全人類は初めて深海棲艦という共通の敵を討伐すべく一致団結した。
 しかし現実とは非常に残酷なもので、最先端の戦力をもってしてもかすり傷すら付けられなかった。それどころか出撃した艦は全艦航行能力を失った状態で沈められたという。生還者は全体の一割にも満たなかった。
 為す術は無いかと思われた。しかし、2010年代前半から5年間程のありとあらゆる記録を確認したところ、どうやらそうでもないらしいことが判明した。その手段こそが唯一の道である。それはある民間企業のK社とD社によって生み出された「艦娘」という存在である。これは、在りし日の艦艇の意識・記憶を持つ艤装核と呼ばれる部品を選び出された少女たちとシンクロさせることで彼女たちに戦闘力を与えた存在である。
 更に、どうやら日本には活動拠点が佐世保・呉・舞鶴・横須賀という4大があったらしい。しかし、奴ら深海棲艦の攻撃によって首都圏はただの廃墟と化してしまっている。そこで、横須賀に代わって箱根と下田を新たな拠点とする事になった。箱根には巨大なスパコンとサーバーを設置、戦闘記録の分析と蓄積に当たらせるようにした。
 同時に、今度は紀伊水道付近に目立つ活動が見られたため、こちらにも新たな拠点を置くことになった。これらの拠点は「鎮守府」と呼ばれる物である。
 これは、彼いや彼女たちと人類が平和を取り戻すために立ち上がる話である。
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