幻想郷、日本のどこかにある広大な土地。
外界と隔離された内側には、人間の他に妖怪、精霊、幽霊、果てには神。人ならざる者があまた存在し、共存していた。
その幻想郷を守護する博麗神社の巫女、博麗霊夢。
彼女のもとに幻想郷の上空に突如として黒い球体が現れたと知らせが来る。
このとき、霊夢はいつもと同じようにこの変異を解決できると思っていた……。
外界と隔離された内側には、人間の他に妖怪、精霊、幽霊、果てには神。人ならざる者があまた存在し、共存していた。
その幻想郷を守護する博麗神社の巫女、博麗霊夢。
彼女のもとに幻想郷の上空に突如として黒い球体が現れたと知らせが来る。
このとき、霊夢はいつもと同じようにこの変異を解決できると思っていた……。