「ガメラ3」のラスト、日本列島に向かっていたハイパー・ギャオスの群れを向かい打つ為にイリスとの激戦で満身創痍の状態でガメラは空自の大部隊と共に九州方面へと向かった。
そして屋久島沖に差し掛かった時にガメラと空自はハイパー・ギャオスの群れと遭遇したが、突然と海中から青白い光線が群れを直撃し、ハイパー・ギャオスの群れを一掃した。そして光線の発射元はガメラと空自を襲い、ガメラは何とか空自を守りながら相打ちをする形でガメラは発射元を撃退、ガメラも青白い光線を受けて海中へと没した。
「大怪獣総攻撃」から二十四年が経過した2025年、ゴジラやガメラなどの怪獣の存在は今は過去の遺物となり人々はやっと訪れた穏やかな平和を謳歌していた。
ところがある日、埼玉県の奥多摩の山中から突如、超古代人によって封印されていた怪獣『アンギラス』が地中から這い上がり復活した。またこれを皮切りに連鎖する様に北海道の屈斜路湖の湖底から怪獣『バラン』、山形県の朝方岳から怪獣『バルゴン』、徳島県の剣山から『ジャイガー』が復活し、さらに伊豆諸島の大島の三原山ではハイパー・ギャオスの特殊変異個体である『アルビノギャオス』が孵化し、東京を目指していた。
そんな最中で残った心臓から長い年月を掛けて東京大海溝よりゴジラが復活、そして鹿児島沖で長い年月を掛けて傷を完治したガメラが復活し東京へと向かった。
今、ここに二大怪獣による地球最大にして最後の聖戦が幕を開けた。
  第一話:あの日の夜()
  第二話:ルルイエの眠り姫2025年08月11日(月) 00:09()
  第三話:滅びし文明()
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